Pesquisadores da Universidade Federal do Rio Grande do Norte estão desenvolvendo novas versões dos chamados "iniciadores" (ou primers), um dos principais elementos usados nas reações dos testes de identificação da Covid. Essa nova combinação tem se mostrado capaz de aumentar a eficácia dos resultados dos exames RT-PCR (swab).
Teste Covid covid-19 Natal RN Rio Grande do Norte rt-pcr swab — Foto: Ascom/IMD/UFRN
O trabalho é do Centro Multiusuário de Bioinformática (BioME/IMD) e do Laboratório de Biologia Molecular Aplicada (Laplic/UFRN) e foi publicado no jornal "Scientific Reports", da revista Nature, um dos maiores veículos científicos do mundo.
O estudo analisou os principais iniciadores (primers) utilizados em todo o mundo e, em seguida, criou primers inéditos, capazes de aumentar a assertividade das testagens da Covid, evitando erros de diagnósticos, como os casos de “falso negativo”.
“Conseguimos desenhar nove conjuntos de primers e sondas, que nada mais são do que ‘pedacinhos’ de DNA utilizados na PCR, que teoricamente são capazes de funcionar na identificação de qualquer variante do SARS-CoV-2 conhecida até então", explicou o professor do Laboratório de Biologia Molecular Aplicada da UFRN, Daniel Lanza.
"Isso diminui consideravelmente a chance de erro dos testes da doença”, reforçou.
Atualmente, o estudo tem sido feito através de simulações computacionais de bioinformática e ainda precisa passar para o teste in vitro.
O artigo é fruto do trabalho da mestranda Maria Júlia Davi, do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática (PPG-Bioinfo/IMD), em parceria com os professores João Paulo Lima, docente do BioME, Selma Jerônimo, do Instituto de Medicina Tropical do Rio Grande do Norte (IMT/RN), e Daniel Lanza.
Melhora na detecção de variantes
O exame PCR é amplamente conhecido no mundo e o principal e mais eficaz método de detecção do coronavírus.
A novidade trazida pelo estudo está em aumentar o nível de detecção do vírus e a capacidade de encontrar variantes, através dos novos primes.
“Os principais desafios para a identificação continuada do vírus são justamente suas eventuais mutações", pontua o professor Daniel Lanza.
"Eu posso ter um primer para uma variante do vírus da Covid, mas quando ele sofre alguma mutação, esse primer pode perder eficiência e meu diagnóstico pode ser impreciso".
Dessa forma, o que o estudo fez foi, "a partir de um grande banco de dados com sequências genéticas do SARS-CoV-2, identificar as regiões no genoma viral que apresentam menor propensão às mutações", diz o professor Daniel Lanza.
"A partir daí, desenhar novos primers específicos, aplicáveis a qualquer variante do vírus conhecida”.
Todos os primers foram desenhados e testados por bioinformática (in silico) pelos professores João Paulo Lima e Daniel Lanza.
Para o trabalho, foram utilizados alinhamentos de milhares de sequências genéticas do SARS-CoV-2 e os primers foram testados contra mais de 211 mil genomas do vírus e suas variantes recentes – tarefa apoiada pelo supercomputador do Núcleo de Processamento de Alto Desempenho (NPAD/UFRN).
Segundo o professor João Paulo Lima, o custo do projeto foi praticamente zero. "Com exceção dos recursos indiretos oferecidos pela Capes para o pagamento da bolsa de pesquisa da nossa mestranda (Capes – Ação Emergencial)", disse.
Testagem em vitro
O próximo passo da pesquisa é a testagem dos novos primers in vitro, segundo os professores. Até o momento, a validação aconteceu apenas por simulações computacionais de bioinformática.
Para a nova etapa, a pesquisa contará com o apoio do IMT, instituição que já realizou mais de 40 mil testagens de Covid-19 só em Natal durante a pandemia.
Testes para Covid-19 sendo feitos no IMT da UFRN — Foto: Anastácia Vaz/UFRN
"Algumas amostras do IMT já foram disponibilizadas para iniciarmos os testes in vitro. Esse é o próximo passo para validarmos definitivamente os novos primers e apresentar um novo protocolo mais eficiente para detecção do vírus”, contou Daniel Lanza.
Segundo os docentes, qualquer empresa ou instituição que tenha estrutura mínima para a realização de testes de PCR ou pesquisas com as sequências do vírus é capaz de testar e validar os novos kits.
“Contanto que se tenha um termociclador, equipamento necessário para fazer uma reação PCR, e um laboratório de biologia molecular, é possível realizar os testes”, garantiu o João Paulo Lima.
O pesquisador pontua, no entanto, que "para o oferecimento dessa nova testagem ao público, será necessário, após a validação, obter as devidas autorizações das agências reguladoras".
Segundo ele, "não apenas os primers, mas sim uma série de fatores que devem ser levados em conta para que os testes de um determinado local sejam consideradas de fato”, ressalta Daniel Lanza.
Para manterem válidos os resultados do estudo, os pesquisadores continuam, mensalmente, alinhando sequências genéticas do SARS-CoV-2, de modo a atualizar a lista de primers, caso surjam novas variantes do vírus.
Fonte: G1
